Criado em 2002, o arquivo do Museu Oscar Niemeyer foi formado inicialmente por obras do Museu de Arte do Paraná (MAP), do acervo do extinto Banestado e de doações feitas por artistas e particulares. Foi só a partir de 2003 que o MON passou a adquirir obras – e seguiu recebendo doações.
Desde março de 2014, o museu tem cerca de 200 peças apreendidas pela Polícia Federal na Operação Lava Jato. Conforme decisão judicial, o espaço tem a guarda do material até a decisão final das ações penais. Caso se comprove o uso das obras em lavagem de dinheiro, parte delas pode ser incorporadas ao acervo.
O MON possui atualmente 3,5 mil obras com nomes de artistas importantes como João Turin, Tarsila do Amaral, Cândido Portinari, Oscar Niemeyer, Ianelli, Andy Warhol, Di Cavalcanti, entre outros.
