Ao mesmo tempo em que o MST dispara críticas ao governo federal, o próprio movimento ainda é visto como muito próximo ao PT e à gestão do governo Lula. O ex-ministro extraordinário de Política Fundiária do governo de Fernando Henrique Cardoso, o deputado Raul Jungmann (PPS-PE), é um dos que têm essa opinião. Para ele, o movimento se transformou em um "partido político radical camponês" que se distanciou da defesa pela reforma agrária. "Hoje o MST é um movimento sem rumo e chapa-branca.", declarou.
Segundo o professor José Guilherme Vieira, do curso de Economia da UFPR, o MST perdeu força pelo alinhamento com o governo do presidente Lula. Ambos surgiram publicamente na mesma época, com o objetivo de combater a ditadura. Para o professor, sob a alegação de que o movimento tornou-se uma militância chapa-branca, milhares de sem-terra sentiram a necessidade de refundar a própria luta pela terra, dando origem a dezenas de grupos.
Vieira diz ainda que o movimento sofreu um grande esvaziamento, provocado, principalmente, pela crescente migração de camponeses para as áreas urbanas. O surto de industrialização da década de 90 em estados essencialmente agrários, como Paraná e Rio Grande do Sul, transformou o problema de falta de terra no campo em falta de moradia nas cidades. "Esse cenário enfraqueceu o discurso do MST. Tanto é que o movimento é constantemente acusado de recrutar pessoas nas cidades para engrossar suas invasões", diz
Já a professora Samira Kauchakje, do curso de Sociologia da PUC-PR, diz que o surgimento de dissidentes é natural. "Isso mostra que o movimento está crescendo e se ramificando, ainda que em meio a conflitos", diz. "Afinal, sem o MST, eles sequer existiriam."
Um dos coordenadores do MST no Paraná, José Damasceno, disse que o movimento foi legitimado pela sociedade brasileira nesses 25 anos, e que os sem-terra não estão alinhados com o governo de Lula, e sim questionando o que vem sendo feito nos últimos anos.
