A descoberta do envolvimento da então chefe de gabinete da Presidência da República em São Paulo, Rose Noronha, e do então advogado-geral adjunto da União, José Weber Holanda, com o grupo acusado de comercializar pareceres técnicos de órgãos públicos para beneficiar empresas privadas, levou a Polícia Federal a adiar por quase oito meses a deflagração da Operação Porto Seguro.
Os investigadores estavam prestes a fazer buscas nas casas e escritórios de quatro suspeitos em março de 2012, mas desistiram depois que escutas telefônicas revelaram a participação de autoridades no esquema. A operação só foi deflagrada de fato em 23 de novembro, com buscas em 44 endereços. No total, 24 pessoas foram denunciadas por envolvimento no esquema.
Até a data da expedição dos primeiros mandados de busca, a PF só havia recolhido provas sobre uma oferta de propina do então diretor da Agência Nacional de Águas (ANA), Paulo Vieira, para ao ex-auditor do Tribunal de Contas da União (TCU) Cyonil Borges.
Em 16 de março, os investigadores obtiveram da Justiça Federal a autorização de quebra do sigilo telefônico e mandados de busca nos endereços residenciais e comerciais de Vieira, de seus dois irmãos e do vice-presidente da Tecondi, Carlos Cesar Floriano. Os policiais teriam até 60 dias para entrar nas casas e escritórios para colher provas relacionadas ao suposto crime.
Os telefonemas e e-mails interceptados pela PF revelaram que o esquema tinha uma dimensão maior do que um ato isolado de corrupção e envolvia autoridades de diversos órgãos federais. Caso os policiais entrassem nas casas e escritórios do grupo, os suspeitos tomariam conhecimento sobre a investigação imediatamente e interromperiam o funcionamento da quadrilha, o que praticamente impediria a obtenção de novas provas.
O adiamento foi fundamental para que a PF descobrisse a extensão das atividades da quadrilha. Em abril e maio, os investigadores foram surpreendidos por trocas de mensagens eletrônicas entre Paulo Vieira e Rose. Os e-mails davam os primeiros sinais de uma rotina de troca de favores mantida pela dupla, que seria revelada nos meses seguintes.
