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A discussão sobre o "contém" ou "pode conter" parece à primeira vista apenas um debate em torno de palavras, mas a definição das regras de identificação de cargas de transgênicos é importante porque um organismo geneticamente modificado que venha a entrar em contato com o meio ambiente de qualquer país pode, em tese, provocar uma contaminação ambiental – uma espécie de "praga" ou erva daninha que poderia causar perdas à biodiversidade.

A identificação e uma possível separação também impediria que variedades naturais de um produto agrícola se misturem com os grãos transgênicos, garantindo um direito do produtor convencional e do consumidor, que teria a certeza de comprar uma mercadoria sem misturas.

Outro aspecto dessa discussão é o efeito sobre a economia agrícola de países como o Brasil, pois o agronegócio arca com os custos da identificação, e os produtos dessas nações poderiam ficar menos competitivos em relação aos países que não seguem as regras definidas na MOP.

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