Atlético foi campeão da Copa Saprissa 2006, na Costa Rica. Neste domingo o Furacãozinho venceu o Boca Juniors nos pênaltis e ficou com o título. No tempo normal, a partida terminou em 2 a 2. Nas cobranças de penalidades a equipe comandada pelo técnico Leandro Niehues venceu os argentinos por 7 a 6.
O Atlético foi invicto da competição em sete partidas, venceu cinco e empatou duas. Foi o terceiro título internacional que a equipe sub-20 do Atlético conquistou. Nos dois últimos anos o clube foi bicampeão da Dallas Cup.
